Seminario III: R/Bioconductor

LCG

Este curso será impartido en la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Está dirigido a los alumnos de tercer semestre de la sexta generación. Se trata de un curso panorámico de Bioconductor y el nombre oficial de la materia es Seminario III. Su duración oficial será de 32 horas de clase. Para mayor información sobre la licenciatura visita la página principal de la LCG. Por ejemplo, las secciones de Desarrollo de las Ciencias Genómicas en México y de Evaluación internacional de la LCG pueden ser de tu interés.

Inicio

Esta es la página oficial del curso Seminario III: R/Bioconductor. Aquí puedes encontrar las presentaciones, ejercicios, respuestas, datos y material de apoyo relacionado al curso. En el programa viene una descripción del curso, los objetivos, el proyecto, una clase "normal" y el calendario tentativo de las clases.

Comentarios de Sandrine Dudoit

"I have already mentioned this to Rafael, but I cannot stress enough how impressed I am by the quality of the LCG program and its outstanding students.
It is truly a pleasure to work with students that have such rare dedication, sense of initiative, and enthusiasm. In particular, I am delighted to see how proficient you have become with R and Bioconductor."
Los comentarios fueron publicados con su permiso. Rafael Palacios es el coordinador actual de la LCG.

OCW

Este curso servirá como el curso piloto de la LCG para el OpenCourseWare (OCW). La idea es crear un curso de la más alta calidad digno de ser un curso OCW. Por lo tanto, vamos a grabar video de todas las clases y todo el material estará en español e inglés.

Ya empezó el curso!!!! :)

presentaciones

En esta sección pueden encontrar una pequeña descripción de cada presentación. Además, pueden bajar las presentaciones en formato PDF, el código R y/o el archivo .Rnw para hacer la presentación.

Clase 01: review  [código]  [.Rnw] 
La primera clase del semestre!!! Vamos a revisar como usar R, como hacer gráficas y veremos como se usan las funciones apply. Traducido por Víctor Moreno y rápidamente revisado por Leonardo.

Clase 02: bioconductor y como documentar  [código]  [.Rnw] 
Vamos a conocer Bioconductor, aprender a hacer heatmaps y como hacer investigación reproducible con R a través de Sweave. Aún no disponible en español.

Clase 03: gráficas avanzadas  [código]  [.Rnw] 
Vamos a aprender a hacer gráficas avanzadas con los paquetes de lattice, plotrix, ggplots2 y car. Aún no disponible en español.

Clase 04: datos públicos  [código]  [.Rnw] 
Aún no disponible en español.

Clase 05: SQL  [código]  [.Rnw] 
Aún no disponible en español.

Clase 06: gráficas genómicas  [código]  [.Rnw] 
Aún no disponible en español.

Clase 07: microarreglos  [código]  [.Rnw] 
Aún no disponible en español.

Clase 08: biostrings  [código]  [.Rnw] 
Por José Reyes. Aún no disponible en español.

Clase 09: ShortRead  [código]  [.Rnw] 
Por Alejandro Reyes. Aún no disponible en español.

Clase 10: paquetes  [código]  [.Rnw] 
Aún no disponible en español.

Clase 11: GOs  [código]  [.Rnw] 
Aún no disponible en español.

Clase 12: affy  [código]  [.Rnw] 
Por Víctor Moreno. Aún no disponible en español.

Clase 13: microarreglos II  [código]  [.Rnw] 
Clase de microarreglos avanzada por Víctor Moreno. Aún no disponible en español.

Clase 14: un estudio simulado con datos de HTS  [código]  [.Rnw] 
Un estudio simulado con datos de HTS usando formatdb, blastall, Velvet y Bowtie. Aún no disponible en español.

cuestionarios y ejercicios

Aquí encontrarán cuestionarios y ejercicios para poner a prueba sus conocimientos y habilidades de estadística, R y Bioconductor ^^.

Ejercicios 01 [código] 
Ejercicios para la primera clase, la de revisión. Son ejercicios básicos, de hacer gráficas y de usar las funciones apply. Aún no disponible en español.

Ejercicios 02 [código] 
Ejercicios para la segunda clase. Son para empezar a usar Sweave y explorar el set de datos ALL. Aún no disponible en español.

Ejercicios 03 [código] 
Ejercicios para la tercera clase. Aún no disponible en español.

Ejercicios 04 [código] 
Ejercicios para la cuarta clase. Aún no disponible en español.

Ejercicios 06 [código] 
Ejercicios para la sexta clase. Aún no disponible en español.

Ejercicios 08 
Ejercicios para la octava clase. Aún no disponible en español.

Ejercicios 09 
Ejercicios para la novena clase. Aún no disponible en español.

respuestas

Aquí encontrarán las respuestas a los ejercicios. Si no entienden algo, por favor háganlo saber a través del foro. ¡Gracias!

01_answer_review.pdf [código] 
Archivo con las respuestas esperadas para el primer set de ejercicios. Aún no disponible en español.

answer_02_sweave.pdf [código] 
Archivo con las respuestas esperadas para la segunda tarea. Aún no disponible en español.

answer_03_advplots.pdf [código] 
Archivo con las respuestas esperadas para la tercera tarea. Aún no disponible en español.

answer_04_biomart.pdf [código] 
Archivo con las respuestas esperadas para la cuarta tarea versión b. Aún no disponible en español.

answer_05_rmysql.pdf [código] 
Archivo con las respuestas esperadas para la quinta tarea. Aún no disponible en español.

answer_06_genome.pdf [código] 
Archivo con las respuestas esperadas para la sexta tarea. Aún no disponible en español.

respuesta.pdf 
Archivo con las respuestas esperadas para la octava tarea. Aún no disponible en español.

datos

En esta sección puedes encontrar los archivos de datos que vamos a usar en el curso y en diversos ejercicios.

stats.txt
Un archivo de salida del programa Velvet que contiene información sobre contigs de unas secuencias de E. coli que simulé.

SuppTable01_kogenome6_double_end-clone_1132_742.csv
Una tabla suplementaria de http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19587683 en formato csv.

SuppTable06_nsSnp_AK1.csv
Una tabla suplementaria de http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19587683 en formato csv.

swirl
Datos de Swirl.

areyes
Datos para el ejercicio de ShortRead

jmoreno
Datos para la clase de affy de Víctor Moreno.

jmoreno2
Datos para la segunda clase de affy de Víctor Moreno.

un estudio simulado con datos de HTS
Datos para la última clase.

videos

En esta sección puedes encontrar los videos de las clases. Los hiremos subiendo con una semana de retraso debido al proceso de creación.

lcollado20090814.flv
Video de la primera clase :) Dura 1 hora con 14 minutos y 59 segundos. Está disponible en formato flv en un archivo de 113 MB. El video está en inglés.

lcollado20090821.mpg
Video de la segunda clase. Está disponible en formato mpg en un archivo de 390 MB. El video está en inglés.

lcollado20090821.flv
Video de la segunda clase. Está disponible en formato flv en un archivo de 143 MB. El video está en inglés.

lcollado20090828.flv
Video de la tercera clase. Está disponible en formato flv en un archivo de 353 MB. El video está en inglés.

lcollado20090904.flv
Video de la cuarta clase. Está disponible en formato flv en un archivo de 359 MB. El video está en inglés.

lcollado20090917.flv
Video de la sexta clase. Está disponible en formato flv en un archivo de 259 MB. El video está en inglés.

lcollado20090925.flv
Video de la séptima clase. Está disponible en formato flv en un archivo de 339 MB. El video está en inglés.

descarga

Te recomendamos que bajes los videos usando el botón derecho en la liga y escogiendo "guardar como". Luego usa tu reproductor de videos favorito para ver los videos :)

gracias

Agradecemos el apoyo del grupo UATI de la LCG para grabar, editar y crear los archivos de video finales.

exposiciones de paquetes

En esta sección puedes encontrar las expocisiones breves sobre diversos paquetes hechas por los alumnos

Expo.pdf  [código]  
Expo de Jorge Buendia sobre geneplotter.

PACKAGE.pdf  [código]  txt con resultados 
Expo de Lisandra Zepeda sobre qvalue.

Biostrings.pdf  [código]  
Expo de Isaac Lopez sobre Biostrings.

Package.pdf  [código]  
Expo de Mariana Ruiz sobre Hardy-Weinberg.

GeneR-avargas.pdf  [.Rnw]  
Expo de Amhed Vargas sobre GeneR.

GeneR_1.pdf  
Expo de Jorge Zepeda y Fabricio López sobre GeneR.

expo_-1-_1.pdf  
Expo de Marco Ortiz y Augusto Berrocal sobre RmirR.

HTqPCR_2.pdf  [.R]  [pdf estilo vignette]  
Expo de Daniela García y Yuvia Pérez sobre HTqPCR.

patter_1.pdf  [.R]  [.Rnw]  
Expo de Ricardo Moreno y Melvin Noé sobre Splicegear.

expoMAIN_RUN_1.pdf  [.R]  
Expo de Yael Fonseca y Héctor Medina sobre COSMO.

gladglad_1.pdf  
Expo de Francisco Diaz y José Samaniego sobre GLAD.

mayepresent_1.pdf  
Expo de Luz Mayela sobre Rolexa.

créditos

Estas exposiciones fueron hechas por y gracias a los estudiantes :) El crédito es suyo ^_^.

material de apoyo

Esta sección contiene links a varios archivos pdf o urls de donde nos basamos para el curso o que les pueden servir como referencia.

R language definition 

An Introduction to R 

An Easy Introduction to R 

The Not so Short Introduction to LaTeX 

Beamer Userguide 

Symbols in LaTeX 

páginas web

Aquí puedes ver un par de páginas web útiles para estadística, R y/o Bioconductor.

Sitio oficial de Bioconductor 

Cursos oficiales de Bioconductor 

Programming in R -- tgirke 

Producing Simple Graphs with R 

Peter's R Programming Pages  

Programming in R -- zoonek  

Quick-R for SAS/SPSS/Stata Users 

libros

Aquí puedes encontrar varios libros sobre estadística, R y/o Bioconductor.

Günther Sawitzki (2009).
Computational Statistics: An Introduction to R.
CRC Press

Robert Gentleman (2008).
R Programming for Bioinformatics.
CRC Press

John Chambers (2008).
Software for Data Analysis: Programming with R.
Springer

R. Gentleman, V. Carey, W. Huber, R. Irizarry, and S. Dudoit (2005).
Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor.
Springer

F. Hahne, W. Huber, R. Gentleman, and S. Falcon (2008).
Bioconductor Case Studies.
Springer

John Verzani (2005).
UsingR for Introductory Statistics.
Chapman & Hall-CRC.

John Maindonald and John Braun (2007).
Data Analysis and Graphics Using R - an Example-Based Approach.
Cambridge University Press.

Deborah Rumsey (2003).
Statistics for Dummies.
Wiley Publishing, Inc.

Bernard Rosner (2006).
Fundamentals of Biostatistics.
Thomson Books/Cole.