################################################### ### chunk number 1: ################################################### options(width=40) ################################################### ### chunk number 2: eval=FALSE ################################################### ## install.packages("RMySQL") ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("rtracklayer") ## biocLite("humanStemCell") ## biocLite("GenomeGraphs") ################################################### ### chunk number 3: ################################################### library(GenomeGraphs) ################################################### ### chunk number 4: eval=FALSE ################################################### ## ?gdPlot ################################################### ### chunk number 5: eval=FALSE ################################################### ## help(package = GenomeGraphs) ################################################### ### chunk number 6: eval=FALSE ################################################### ## apropos("make") ################################################### ### chunk number 7: ################################################### args(makeBaseTrack) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### makeBaseTrack(1:100, rlnorm(100)) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### a <- makeBaseTrack(1:100, rlnorm(100), strand="+") ################################################### ### chunk number 10: ################################################### gdPlot(a) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### info <- list(makeBaseTrack(1:100, rlnorm(100), strand="+"), makeBaseTrack(1:100, rnorm(100), strand="-")) gdPlot(info) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### info2 <- list(makeBaseTrack(1:100, rlnorm(100), strand="+"), makeBaseTrack(1:100, rnorm(100), strand="-"), makeGenomeAxis()) gdPlot(info2) ################################################### ### chunk number 13: ################################################### b <- makeBaseTrack(1:100, rnorm(100), strand="-", dp = DisplayPars(color="blue")) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### gdPlot(list(a, b, makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 15: ################################################### showDisplayOptions("BaseTrack") ################################################### ### chunk number 16: ################################################### gdPlot(list("+" = a, "-" = b, Base = makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 17: ################################################### args(makeGeneRegion) ################################################### ### chunk number 18: ################################################### bsub <- useMart("bacterial_mart_54", dataset = "bac_6_gene") ################################################### ### chunk number 19: ################################################### head(listAttributes(bsub)) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### res <- getBM(attributes=c("chromosome_name"), filters= c("start", "end"), values = list("1", "1000"), mart = bsub) res ################################################### ### chunk number 21: ################################################### c <- makeGeneRegion(12000, 20000, chromosome="Chromosome", strand = "+", biomart=bsub) ################################################### ### chunk number 22: ################################################### d <- makeGeneRegion(12000, 20000, chromosome="Chromosome", strand = "-", biomart=bsub) ################################################### ### chunk number 23: ################################################### gdPlot(list("+"=c, "-"=d, Bsub=makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 24: ################################################### mart <- useMart("ensembl", "scerevisiae_gene_ensembl") data("seqDataEx") head(seqDataEx$david) ################################################### ### chunk number 25: ################################################### gdPlot(makeGeneRegion(10000, 50000, chr = "IV", strand = "+", biomart = mart), 10000, 50000) ################################################### ### chunk number 26: eval=FALSE ################################################### ## showDisplayOptions("GeneRegion") ################################################### ### chunk number 27: ################################################### gdPlot(makeGeneRegion(10000, 50000, chr = "IV", strand = "+", biomart = mart, dp = DisplayPars( plotId=TRUE, idRotation=0, cex=0.5, idColor = "black")), 10000, 50000) ################################################### ### chunk number 28: ################################################### args(makeGenericArray) ################################################### ### chunk number 29: ################################################### david <- seqDataEx$david ################################################### ### chunk number 30: ################################################### head(david[,"expr", drop=FALSE]) head(david[,"expr", drop=TRUE]) ################################################### ### chunk number 31: ################################################### e <- makeGenericArray(david[, "expr",drop = FALSE], david[, "location"]) ################################################### ### chunk number 32: ################################################### gdPlot(list(e, makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 33: ################################################### df <- as.data.frame(seqDataEx$david) lst <- lapply(c("+", "-"), function(s) { a <- as.matrix(subset(df, strand == ifelse(s == "+", 1, -1))) c(makeGenericArray(a[,"expr", drop = FALSE], a[,"location"]), makeGeneRegion(start = min(df[,"location"]), end = max(df[,"location"]), chr = "IV", strand = s, biomart = mart, dp = DisplayPars(plotId=TRUE, idRotation = 0, cex = .5, idColor = "black"))) }) yeastLst <- c(unlist(lst), makeGenomeAxis()) ################################################### ### chunk number 34: ################################################### gdPlot(yeastLst) ################################################### ### chunk number 35: ################################################### args(makeRectangleOverlay) args(makeTextOverlay) ################################################### ### chunk number 36: ################################################### showDisplayOptions("RectangleOverlay") ################################################### ### chunk number 37: ################################################### ovlay <- makeRectangleOverlay(1301500, 1302500, region = c(1, 2), dp = DisplayPars(alpha = 0.5)) gdPlot(yeastLst, overlays = c(ovlay)) ################################################### ### chunk number 38: ################################################### tovlay <- makeTextOverlay("SpecialRegion", 1303500, 0.75, region = c(1, 1), dp = DisplayPars(color = "black")) ################################################### ### chunk number 39: ################################################### gdPlot(yeastLst, overlays = c(ovlay, tovlay)) ################################################### ### chunk number 40: ################################################### args(makeTranscript) hMart <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl") trans <- makeTranscript("ENSG00000168309", biomart = hMart) ################################################### ### chunk number 41: ################################################### gdPlot(list(trans, makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 42: ################################################### args(makeExonArray) args(makeGeneModel) ################################################### ### chunk number 43: ################################################### data("unrData", package = "GenomeGraphs") class(unrData) dim(unrData) head(unrPositions) ################################################### ### chunk number 44: ################################################### exon <- makeExonArray(intensity = unrData, probeStart = unrPositions[,3], probeEnd = unrPositions[,4], probeId = as.character(unrPositions[,1]), nProbes = unrNProbes, dp = DisplayPars(color = "blue", mapColor = "dodgerblue2"), displayProbesets = FALSE) geneModel <- makeGeneModel(start = unrPositions[,3], end = unrPositions[,4]) ################################################### ### chunk number 45: ################################################### gdPlot(list(exon, geneModel, makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 46: ################################################### sessionInfo()