################################################### ### chunk number 1: ################################################### options(width=40) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### start <- c(3, 7, 100) end <- c(5, 20, 200) chr <- c("chr1", "chr1", "chr2") strand <- c("+", "-", "+") df <- data.frame(chr = chr, strand = strand, start = start, end = end) df ################################################### ### chunk number 3: ################################################### library(IRanges) RD <- RangedData(ranges = IRanges(start = start, end = end), strand = strand, space = chr) RD ################################################### ### chunk number 4: ################################################### range(ranges(RD)) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40), width = c(12, 6, 6, 15, 6, 2, 7)) strand <- rep(c("+", "-"), c(4, 3)) rd <- RangedData(ranges = ir, strand = strand, space = "chr1") ################################################### ### chunk number 6: ################################################### start(rd) end(rd) width(rd) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### rd[2:5,] ranges(rd[2:5,]) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### rd2 <- rd ranges(rd2) <- shift(ranges(rd2), 2) rd2[2:5, ] ################################################### ### chunk number 9: ################################################### rd3 <- rd pos <- values(rd3)[, "strand"] == "+" ranges(rd3)[pos] <- resize(ranges(rd)[pos], 120) ranges(rd3)[!pos] <- resize(ranges(rd)[!pos], 120, start = FALSE) rd3[2:5,] ################################################### ### chunk number 10: ################################################### ranges(rd3) <- restrict(ranges(rd3), 1) rd3[2:5,] ################################################### ### chunk number 11: ################################################### reduce(ranges(rd)) gaps(ranges(rd)) disjoin(ranges(rd)) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### ol <- findOverlaps(ranges(rd), reduce(ranges(rd))) as.matrix(ol)[1:3,] cover <- coverage(ranges(rd)) cover ################################################### ### chunk number 13: eval=FALSE ################################################### ## bsub <- useMart("bacterial_mart_3", dataset = "bac_6_gene") ## head(listAttributes(bsub)) ################################################### ### chunk number 14: eval=FALSE ################################################### ## pos <- makeGeneRegion(12000, 20000, chromosome="Chromosome", strand = "+", biomart=bsub) ################################################### ### chunk number 15: eval=FALSE ################################################### ## neg <- makeGeneRegion(12000, 20000, chromosome="Chromosome", strand = "-", biomart=bsub) ## gdPlot(list("+"=pos, "-"=neg, Bsub=makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 16: ################################################### sessionInfo()