R/Bioconductor
Curso Intensivo Oct-Nov 2008
LCG (English)
This course was taught at the Undergraduate Program on Genomic Sciences (LCG in Spanish) from the National Autonomous University of Mexico (UNAM in Spanish). It was directed at the fifth semester students from the fourth generation. It was meant as a short R/Bioconductor course and was a part of the Bioinformatics and Statistics I subject. It had an official length of 12 class hours. For more information on this undergraduate program visit LCG's main page. For example, the sections on Development of the Genomic Sciences in Mexico and LCG's International Evaluation could be of your interest.
LCG
Este curso fue impartido en la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Fue dirigido a los alumnos de quinto semestre de la cuarta generación. Fue diseñado como un curso rápido de R/Bioconductor y fue parte de la materia de Bioinformática y Estadística I. Su duración oficial fue de 12 horas de clase. Para mayor información sobre la licenciatura visita la página principal de la LCG. Por ejemplo, las secciones de Desarrollo de las Ciencias Genómicas en México y de Evaluación internacional de la LCG pueden ser de tu interés.
Inicio
El objetivo de este pequeño curso de R/Bioconductor es familiarizarlos con el lenguaje R y varios paquetes útiles de Bioconductor. La idea del curso es darles un panorama general de lo que se puede hacer con R y Bioconductor; por lo tanto no nos vamos a meter en detalle en los paquetes aunque si están interesados tendrán los conocimientos básicos para adentrarse.
Les recordamos que no hay ningún experto en R o Bioconductor en la cercanía de la LCG a pesar de ser tan útil en la genómica. En el 2007 Sandrine Dudoit vino a la LCG por el programa de "Frontiers in Genomics". Casi le da un infarto cuando se enteró que no sabíamos nada de R. A principios del 2008, James Bullard del laboratorio de Sandrine dio un curso intensivo al cual asistimos Osam y yo (Leo). Aunque nuestro conocimiento sobre R es limitado, esperamos servirles como catalizadores en su aprendizaje de R. A su vez algunos de ustedes les tocará dar un curso parecido a nuevas generaciones.
Si llegan a tener dudas o preguntas ya sea durante el curso como después, hay una comunidad disponible via Internet que te puede ayudar. Dentro del contexto de la LCG, se espera formar una comunidad vía el Nodo Nacional de Bioinformática (NNB) y su foro asociado. En fin, esperamos que su experiencia con R/Bioconductor sea agradable.
Programa tentativo
Osam y yo preparamos un programa para este curso que pueden ver aquí:
programa. Este programa mas bien es una propuesta. Las clases de Osam y de Leo no van a ser iguales además de que nos iremos ajustando al interés de cada grupo. Si tienen propuestas son bienvenidas porque queremos que los cursos sean interesantes.
El formato de la página y de las presentaciones de la clase están basados en uno creado por y con permiso de James Bullard. Incluso algunas explicaciones y ejemplos están basados en el curso que impartío en Cuernavaca en Enero del 2008. Pueden checar su curso aquí.