class: center, middle, inverse, title-slide # <strong>Introducción a R, RStudio y Bioconductor</strong> ## para expandir tu horizonte bioinformático: CDSB + RMB + NNB + EMB 2020 ### <a href="http://lcolladotor.github.io/">Leonardo Collado-Torres</a> ### 2020-07-06 --- class: inverse .center[ <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/"><img alt="Creative Commons License" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by-nc-sa/4.0/88x31.png" /></a><br />This work is licensed under a <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License</a>. [<img src="http://www.nnb.unam.mx/TIB2020/wp-content/uploads/sites/2/2020/03/TIF-Logo_2020.png" width="250px" />](http://www.nnb.unam.mx/TIB2020/) [<img src="http://www.nnb.unam.mx/TIB2020/wp-content/uploads/sites/2/2020/03/RMB_Logo-horizontal.png" width="250px" />](https://www.redmexicanadebioinformatica.org/) [<img src="http://www.nnb.unam.mx/TIB2020/wp-content/uploads/sites/2/2020/03/logo-principal.png" width="250px" />](http://www.nnb.unam.mx/) [<img src="https://comunidadbioinfo.github.io/images/logo_hu887f29129fe527571c16cff89573bbf0_57814_0x70_resize_lanczos_2.png" width = "250px" />](https://comunidadbioinfo.github.io/) ] .footnote[ Descarga los archivos de este curso con `usethis::use_course('lcolladotor/RBiocIntro2020')` o ve los archivos en línea a través de [**lcolladotor.github.io/RBiocIntro2020**](http://lcolladotor.github.io/RBiocIntro2020).] <style type="text/css"> /* From https://github.com/yihui/xaringan/issues/147 */ .scroll-output { height: 80%; overflow-y: scroll; } /* https://stackoverflow.com/questions/50919104/horizontally-scrollable-output-on-xaringan-slides */ pre { max-width: 100%; overflow-x: scroll; } /* From https://github.com/yihui/xaringan/wiki/Font-Size */ .tiny{ font-size: 40% } </style> --- # R * Es gratis, fácil de expander y muy versátil -- * Nace en la academia y existe gracias a muchxs voluntarixs -- * Lo puedes instalar a través de [CRAN](https://cran.r-project.org/) -- * Cambia de versión en abril cada año. Versión más reciente: 4.0.2 .footnote[ También existen imágenes de docker como las de [Rocker](https://www.rocker-project.org/) y de [Bioconductor](https://www.bioconductor.org/help/docker/). ] --- # RStudio * Mezcla de productos gratis y privados: modelo ecónomico para impulsar el código de acceso libre -- * RStudio Desktop: permite escribir trabajar con R de forma más eficiente -- * Desarrollan código (paquetes) para el beneficio de todxs -- * Puedes descargar RStudio Desktop desde [aquí](https://rstudio.com/products/rstudio/download/) -- * ¡Cambia de versión seguido! .footnote[ Chequen la excelente plática de JJ Allaire [Open Source Software for Data Science](https://rstudio.com/resources/rstudioconf-2020/open-source-software-for-data-science/) sobre RStudio. ] --- # Bioconductor * [CRAN](https://cran.r-project.org/) task views: listas curadas de paquetes (📦s) de R -- * Bioconductor: hogar (repositorio) de código de R (📦s) para analizar datos biológicos masivos (bioinformática); cerca de 2 mil 📦s -- * Fue fundado por [Robert Gentleman](https://www.linkedin.com/in/robert-gentleman-06845098/) (co-creador de R junto con [Ross Ihaka](https://en.wikipedia.org/wiki/Ross_Ihaka)) -- * Los 📦s tienen que ser de _alta_ calidad: pasar pruebas continuas en macOS, Windows, linux; documentación; seguir ciertos estándares de programación .footnote[ [Foto de latinxs con Robert en 2019](https://twitter.com/fellgernon/status/1144298692775698438?s=20) ] --- # ¿Qué hay en común a través de R, RStudio y Bioconductor? -- * ¡Todxs nosotrxs! La comunidad -- * Nadie es un expertx: siempre hay otras personas de quien aprender -- * Recuerden: es un esfuerzo de muchxs voluntarixs. Hay que ayudar a que nos ayuden. -- * Al usar algún paquete de R te vuelves parte de la comunidad: ¡todxs buscan que sigas siendo parte de ella! .footnote[ Jenny Bryan tiene varias pláticas buenas al respecto. Empiezen por [Object of type ‘closure’ is not subsettable](https://rstudio.com/resources/rstudioconf-2020/object-of-type-closure-is-not-subsettable/). ] --- # Pedir ayuda * [RStudio Community](https://community.rstudio.com/t/compiler-support-fo-c-14-features-on-windows/57284/4?u=lcolladotor) * [Bioconductor Support](https://support.bioconductor.org/p/116480/) * GitHub [issues](https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/issues/50) y [pull requests](https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/pull/51) * [Twitter vía rstats y rstatsES](https://twitter.com/fellgernon/status/1253502433231343617?s=20) * Slack: [Bioconductor](https://bioc-community.herokuapp.com/), [RLadies](https://rladies-community-slack.herokuapp.com/), ... * Listas de email de R: [Bioconductor](https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel), [R-Sig-Mac](https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mac), ... Más: * [MiR](https://twitter.com/miR_community) * [R LGBTQ+](https://twitter.com/R_LGBTQ) * [R4DS Community](https://twitter.com/R4DScommunity) * y muchas más En español * [CDSB](https://comunidadbioinfo.github.io/) * [Mapa de RLadies](https://benubah.github.io/r-community-explorer/rladies.html) * [LatinR](https://twitter.com/latinr_conf) (y portugués) --- <iframe src="https://giphy.com/embed/yoJC2ysogWRNyIafZe" width="480" height="253" frameBorder="0" class="giphy-embed" allowFullScreen></iframe><p><a href="https://giphy.com/gifs/wetv-yaas-yoJC2ysogWRNyIafZe">via GIPHY</a></p> --- # Bioconductor: en detalle -- * __Bioconductor, the R package repository for the "analysis and comprehension of high-throughput genomic data"__ -- * blog 2014: [Where do I start using Bioconductor?](http://lcolladotor.github.io/2014/10/16/startbioc/#.XqxNGRNKiuo) -- * [Sobre Bioconductor](http://bioconductor.org/about/) -- * Artículos: [2004](http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2004-5-10-r80.pdf), libro [2005](https://www.amazon.com/Bioinformatics-Computational-Solutions-Bioconductor-Statistics/dp/0387251464), [2015](http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n2/abs/nmeth.3252.html) -- * Equipos de trabajo: [core team](http://bioconductor.org/about/core-team/); _Advisory Boards_: [_Scientific_](http://bioconductor.org/about/scientific-advisory-board/), [_Technical_](http://bioconductor.org/about/technical-advisory-board/), [_Community_](http://bioconductor.org/about/community-advisory-board/) --- # Tipos de paquetes * _Software_: principal tipo de 📦, principalmente hecho por la comunidad * _Annotation_: facilita el interactuar con bases de datos genómicas makes it easier to interface with heavily used genomics databases * _Experiment Data_: típicamente relacionado a un artículo o para distribuir datos para ejemplos, principalmente hecho por la comunidad * _Workflows_: muestran como usar varios paquetes de R/BioC para un tipo de análisis en particular --- # Buscar paquetes * Software: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/ * Annotation: http://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/ * Experiment Data: http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/ * Workflows: http://bioconductor.org/packages/release/workflows/ --- # Navegando los _biocViews_ * Estructura como de un árbol * Cuatro árboles principales: software, annotation, experiment, workflow * Un paquete puede ser parte de varias ramas del mismo árbol * Búsqueda de texto sencilla * Ejemplo: Software → WorkflowStep → Visualization → http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Visualization (486 📦s en BioC 3.11) --- # Ejercicio 1 * Encuentren un paquete para analizar uso diferencial de exones (tiene que ver con _splicing_) * ¿Cúal es el 📦 de datos de organismo de humano más usado? * ¿Cúantos _workflows_ básicos hay? --- # Página web principal de un 📦 de BioC * Usen https://bioconductor.org/packages/<pkg_name>. - Ejemplo 1: https://bioconductor.org/packages/recount - Ejemplo 2: https://bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment * Etiquetas (badges): muestra rápidamente como está el 📦 * Descripción: un párrafo * Cómo citar el 📦 * Cómo instalar el 📦. Más detalles en http://bioconductor.org/install/ * Documentación - Liga al PDF o HTML para cada _vignette_. ¡Es la información **PRINCIPAL** que van a querer revisar! - Es donde lxs autores explican cómo se relacionan las diferentes funciones y para que sirve el 📦. --- * Detalles - términos de _biocViews_ - Relación con otros 📦s (depends, imports, linking to, suggests, depends on me, …) - URL: donde puedes encontrar el código fuente - BugReports: donde puedes pedir ayuda * Más detalles sobre la instalación del 📦 * Estadísticas sobre las descargas --- # Ejercicio 2 * ¿Cúantas vignettes tiene _recount_? * Si tienen una pregunta sobre _recount_, ¿dónde pedirían ayuda? * _recount_ depende de otro 📦 de R, ¿cúal es, qué tan usado es? ¿Funciona en todos los sistemas operativos? --- # Dos ramas (versiones) de Bioconductor * Ramas: - release (versión principal), actualmente: 3.11 - devel (desarrollo), actualmente: 3.12 * Ejemplo: http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/recount.html * Bioconductor: ciclos de 6 meses (abril y octubre) * Pruebas diarias en Windows, Linux y macOS en ambas ramas - Ejemplo: http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/recount/ y http://bioconductor.org/checkResults/devel/bioc-LATEST/recount/ * Resumen de cada versión, actualmente 3.11: http://bioconductor.org/news/bioc_3_11_release/ - Resumen del resumen para 3.8: http://research.libd.org/rstatsclub/2018/11/02/quick-overview-on-the-new-bioconductor-3-8-release/ --- # Cursos y eventos * http://bioconductor.org/help/events/ * http://bioconductor.org/help/course-materials/ * BioC2020: congreso principal (será remoto este año) https://bioc2020.bioconductor.org/ - BioC2019 libro de los talleres: https://rebrand.ly/biocworkshops2019 * Taller CDSB 2020: https://comunidadbioinfo.github.io/post/cdsb2020-building-workflows-with-rstudio-and-scrnaseq-with-bioconductor/#.XmJT-Z-YU1I - Más sobre la CDSB a través de R Consortium: [inglés](https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico) y [español](https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XwM5CpNKiuo) --- # Desarrolladores https://bioconductor.org/developers/ * Lista de correos para los desarrolladores * Git, GitHub y control de código * Guías/reglas para código de R * Contenedores de Docker * Amazon Machine Image --- # ¿Quieren más? .scroll-output[ .tiny[ <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">Are you interested in learning about storing <a href="https://twitter.com/hashtag/genomics?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#genomics</a> data using <a href="https://twitter.com/Bioconductor?ref_src=twsrc%5Etfw">@Bioconductor</a>? <br><br>Leo <a href="https://twitter.com/fellgernon?ref_src=twsrc%5Etfw">@fellgernon</a> explained what <a href="https://twitter.com/hashtag/SummarizedExperiment?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#SummarizedExperiment</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/SingleCellExperiment?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#SingleCellExperiment</a> and related <a href="https://twitter.com/hashtag/rstats?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#rstats</a> 📦s can do for you<br><br>📹 <a href="https://t.co/dMm2fESP1Y">https://t.co/dMm2fESP1Y</a><br>📒 <a href="https://t.co/UQl3JqZ2Cy">https://t.co/UQl3JqZ2Cy</a><br>📜 <a href="https://t.co/D2y6OyDuwg">https://t.co/D2y6OyDuwg</a> <a href="https://t.co/eXVeEISxFD">pic.twitter.com/eXVeEISxFD</a></p>&mdash; LIBD rstats club (@LIBDrstats) <a href="https://twitter.com/LIBDrstats/status/1261387752588935169?ref_src=twsrc%5Etfw">May 15, 2020</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> ]] --- <iframe src="https://giphy.com/embed/KYDYyfxefrS2eiKBuv" width="480" height="480" frameBorder="0" class="giphy-embed" allowFullScreen></iframe><p><a href="https://giphy.com/gifs/thanks-thank-you-respect-KYDYyfxefrS2eiKBuv">via GIPHY</a></p> --- class: middle .center[ # ¡Gracias! Las diapositivas fueron hechas con el paquete de R [**xaringan**](https://github.com/yihui/xaringan) y estilizadas con [**xaringanthemer**](https://github.com/gadenbuie/xaringanthemer). Instructor: [**Leonardo Collado-Torres**](http://lcolladotor.github.io/). <a href="https://www.libd.org"><img src="img/LIBD_logo.jpg" style="width: 20%" /></a> ] .footnote[ Descarga los archivos de este curso con `usethis::use_course('lcolladotor/RBiocIntro2020')` o ve los archivos en línea a través de [**lcolladotor.github.io/RBiocIntro2020**](http://lcolladotor.github.io/RBiocIntro2020).] --- Este mini curso está basado en <blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">For our session today Leo <a href="https://twitter.com/fellgernon?ref_src=twsrc%5Etfw">@fellgernon</a> did a <a href="https://twitter.com/Bioconductor?ref_src=twsrc%5Etfw">@Bioconductor</a> overview for <a href="https://twitter.com/LieberInstitute?ref_src=twsrc%5Etfw">@LieberInstitute</a><br><br>📜 <a href="https://t.co/51DE9Cqk2a">https://t.co/51DE9Cqk2a</a><br>📹 <a href="https://t.co/acfMoJFqvH">https://t.co/acfMoJFqvH</a><br>🌐 <a href="https://t.co/CHROt662as">https://t.co/CHROt662as</a><br><br>Leo joined the Community Advisory Board 🌟 in 04/2020<a href="https://twitter.com/hashtag/rstats?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#rstats</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/Bioinformatics?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#Bioinformatics</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/Genomics?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#Genomics</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/Bioconductor?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#Bioconductor</a></p>&mdash; LIBD rstats club (@LIBDrstats) <a href="https://twitter.com/LIBDrstats/status/1256289003889983488?ref_src=twsrc%5Etfw">May 1, 2020</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script> --- # Información de la sesión de R .scroll-output[ .tiny[ ```r options(width = 120) sessioninfo::session_info() ``` ``` ## ─ Session info ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── ## setting value ## version R version 4.0.0 (2020-04-24) ## os macOS Catalina 10.15.5 ## system x86_64, darwin17.0 ## ui X11 ## language (EN) ## collate en_US.UTF-8 ## ctype en_US.UTF-8 ## tz America/New_York ## date 2020-07-06 ## ## ─ Packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── ## package * version date lib source ## assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 4.0.0) ## cli 2.0.2 2020-02-28 [1] CRAN (R 4.0.0) ## colorout * 1.2-2 2020-03-16 [1] Github (jalvesaq/colorout@726d681) ## crayon 1.3.4 2017-09-16 [1] CRAN (R 4.0.0) ## digest 0.6.25 2020-02-23 [1] CRAN (R 4.0.0) ## evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 4.0.0) ## fansi 0.4.1 2020-01-08 [1] CRAN (R 4.0.0) ## glue 1.4.1 2020-05-13 [1] CRAN (R 4.0.0) ## htmltools 0.4.0 2019-10-04 [1] CRAN (R 4.0.0) ## knitr 1.29 2020-06-23 [1] CRAN (R 4.0.0) ## magrittr 1.5 2014-11-22 [1] CRAN (R 4.0.0) ## purrr 0.3.4 2020-04-17 [1] CRAN (R 4.0.0) ## Rcpp 1.0.4.12 2020-06-26 [1] Github (RcppCore/Rcpp@653b4ae) ## rlang 0.4.6 2020-05-02 [1] CRAN (R 4.0.0) ## rmarkdown 2.3 2020-06-18 [1] CRAN (R 4.0.0) ## sessioninfo 1.1.1 2018-11-05 [1] CRAN (R 4.0.0) ## showtext 0.7-1 2020-01-27 [1] CRAN (R 4.0.0) ## showtextdb 2.0 2017-09-11 [1] CRAN (R 4.0.0) ## stringi 1.4.6 2020-02-17 [1] CRAN (R 4.0.0) ## stringr 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 4.0.0) ## sysfonts 0.8.1 2020-05-08 [1] CRAN (R 4.0.0) ## whisker 0.4 2019-08-28 [1] CRAN (R 4.0.0) ## withr 2.2.0 2020-04-20 [1] CRAN (R 4.0.0) ## xaringan 0.16 2020-03-31 [1] CRAN (R 4.0.0) ## xaringanthemer * 0.3.0 2020-05-04 [1] CRAN (R 4.0.0) ## xfun 0.15 2020-06-21 [1] CRAN (R 4.0.0) ## yaml 2.2.1 2020-02-01 [1] CRAN (R 4.0.0) ## ## [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library ``` ]] --- .center[ [<img src="https://www.redmexicanadebioinformatica.org/wp-content/uploads/2020/06/Web-banner.jpg"/>](https://www.redmexicanadebioinformatica.org/introduccion-a-r-rstudio-y-bioconductor-para-expandir-tu-horizonte-bioinformatico/) ]