En el Instituto Lieber para el Desarrollo del Cerebro (LIBD en inglés), soy el líder del equipo de R/Bioconductor-powered Team Data Science. Mi equipo de investigación aspira a entender mejor las raíces de enfermedades (particularmente los trastornos psiquiátricos) al estudiar varias dimensiones de la actividad de genes. Esto lo logramos al estudiar la expresión génica a todos los niveles (genes, exones, uniones de exon-exon, regiones no-anotadas con expresión) y utilizando diferentes tecnologías para medir los niveles de expresión génica (RNA-seq en masa, RNA-seq a nivel de célula o núcleo único, transcripción en el espacio organizacional) que proveen mayor resolución y la ubicación de la actividad génica. Mi equipo trabaja de forma muy estrecha con colaboradores de LIBD y de la Universidad Johns Hopkins (JHU), lo cual refleja la diversidad de habilidades necesarias para avanzar nuestro conocimiento en el área de biología de alto rendimiento. También me interesan actividades para fomentar comunidades por lo cual soy miembro de la Junta Directiva de la Comunidad de Bioconductor, de la Junta de Asesores para Software Estadístico de rOpenSci, y de la Junta Directiva de la Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) en México. Para poder fomentar un ambiente de apoyo y estimulante de investigación, mi equipo tiene asesorías sobre carreras, oportunidades de entrenamiento internas, sesiones de guía para el mundo de la Ciencia de Datos, el club de R de LIBD, entre otras iniciativas.

Brevemente, me gradué de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 2009 y trabajé dos años en Winter Genomics analizando datos de secuenciación masiva. Después obtuve mi doctorado en 2016 dentro del Departmento de Bioestadística en Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health gracias a una beca de CONACyT. Trabajé con Jeff Leek y Andrew Jaffe para desarrollar derfinder y recount. Después trabajé alrededor de 4 años como Staff Scientist y Research Scientist en el laboratorio de Andrew Jaffe en una gama diversa de proyectos de análisis de datos.

Todos los días utilizo R y Bioconductor, y en algunos días escribo paquetes de R. Ocasionalmente escribo en mi blog sobre estas y otras herramientas. Soy co-fundador del club de R de LIBD y de la CDSB que describimos en el R Consortium (en español vía la CDSB).

Si te quieres unir a mi equipo, ¡por favor revisa los puestos que tenemos disponibles en LIBD! ^_^ 💪🏽🇲🇽

Aquí están los videos de unas de mis pláticas, aunque tengo muchos más videos disponibles en YouTube.

Intereses
  • Genómica
  • Programación con R
  • Bioestadística
  • Educación
  • Diversidad
Educación
  • Doctorado en Bioestadística, 2016

    Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health

  • Licenciatura en Ciencias Genómicas, 2009

    Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)