L. Collado-Torres

En el Instituto Lieber para el Desarrollo del Cerebro (LIBD en inglés), soy el líder del equipo de R/Bioconductor-powered Team Data Science. Mi equipo de investigación aspira a entender mejor las raíces de enfermedades (particularmente los trastornos psiquiátricos) al estudiar varias dimensiones de la actividad de genes. Esto lo logramos al estudiar la expresión génica a todos los niveles (genes, exones, uniones de exon-exon, regiones no-anotadas con expresión) y utilizando diferentes tecnologías para medir los niveles de expresión génica (RNA-seq en masa, RNA-seq a nivel de célula o núcleo único, transcripción en el espacio organizacional) que proveen mayor resolución y la ubicación de la actividad génica. Mi equipo trabaja de forma muy estrecha con colaboradores de LIBD y de la Universidad Johns Hopkins (JHU), lo cual refleja la diversidad de habilidades necesarias para avanzar nuestro conocimiento en el área de biología de alto rendimiento. También me interesan actividades para fomentar comunidades por lo cual soy miembro de la Junta Directiva de la Comunidad de Bioconductor, de la Junta de Asesores para Software Estadístico de rOpenSci, y de la Junta Directiva de la Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) en México. Para poder fomentar un ambiente de apoyo y estimulante de investigación, mi equipo tiene asesorías sobre carreras, oportunidades de entrenamiento internas, sesiones de guía para el mundo de la Ciencia de Datos, el club de R de LIBD, entre otras iniciativas.

Brevemente, me gradué de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 2009 y trabajé dos años en Winter Genomics analizando datos de secuenciación masiva. Después obtuve mi doctorado en 2016 dentro del Departmento de Bioestadística en Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health gracias a una beca de CONACyT. Trabajé con Jeff Leek y Andrew Jaffe para desarrollar derfinder y recount. Después trabajé alrededor de 4 años como Staff Scientist y Research Scientist en el laboratorio de Andrew Jaffe en una gama diversa de proyectos de análisis de datos.

Todos los días utilizo R y Bioconductor, y en algunos días escribo paquetes de R. Ocasionalmente escribo en mi blog sobre estas y otras herramientas. Soy co-fundador del club de R de LIBD y de la CDSB que describimos en el R Consortium (en español vía la CDSB).

Si te quieres unir a mi equipo, ¡por favor revisa los puestos que tenemos disponibles en LIBD! ^_^ 💪🏽🇲🇽

Aquí están los videos de unas de mis pláticas, aunque tengo muchos más videos disponibles en YouTube.

Intereses
  • Genómica
  • Programación con R
  • Bioestadística
  • Educación
  • Diversidad
Educación
  • Doctorado en Bioestadística, 2016

    Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health

  • Licenciatura en Ciencias Genómicas, 2009

    Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)

Campos de interés

que me emocionan

R
Genómica
Educación
Communidad

Publicaciones recientes

y pósters

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Posts recientes

La mayoría de mis posts están disponibles solo en inglés ya que me tomaría mucho tiempo traducirlos. Posts de la categoría rstats también son difundidos a través de RBloggers y R Weekly. También revisa el club de R de LIBD donde contribuyo posts.

Curriculum vitae

Descarga mi cv o explóralo a través de GitHub (solo está disponible en inglés).

Presentaciones

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Cursos

LIBD

2022

  1. Instructor del curso Introducción a análisis de datos de RNA-seq con Bioconductor para alumnos de la LCG-UNAM.

2021

  1. Organizador e instructor de CDSB 2021: Análisis de datos transcriptómicos de célula única (scRNA-seq) con R y Bioconductor.
  2. Instructor del curso Introducción a análisis de datos de RNA-seq con Bioconductor para alumnos de la LCG-UNAM.
  3. Instructor de la sesión de 2 horas sobre Análisis de scRNA-seq con Bioconductor, parte del taller Human Cell Atlas - Latin America.
  4. Instructor del mini curso Exploración interactiva de datos: plotly e iSEE para de la serie de mini cursos organizados por la CDSB, RMB y el NNB-CCG (UNAM).

2020

  1. Instructor para los talleres sobre R/Bioconductor y Ciencia de Datos en LIBD.
  2. Instructor y miembro del Comité Organizador del Taller CDSB 2020: Construyendo flujos de trabajo con RStudio y Bioconductor para datos transcriptómicos de célula única (scRNA-seq) (diapositivas en 🇲🇽)
  3. Instructor del curso Analyzing scRNA-seq data with Bioconductor para alumnos de la LCG-EJ-UNAM.

2019

  1. Instructor y miembro del Comité Organizador del Taller CDSB 2019: Cómo Crear y Ordenar Herramientas ‘Tidy’ (diapositivas en 🇲🇽)

2018

  1. Ponente principal y miembro del Comité Organizador del Taller Desarrolladores Latino Americanos de R/BioConductor 2018

2016

  1. Instructor de Stata y Bioestadística de un taller para personal docente de la Universidad de Kandahar, organizado por la Universidad Johns Hopkins.
  2. Instructor invitado para el curso Genomeeting 2016 course impartido en el INMEGEN, CDMX, México.

JHBSPH

2015-2016

  1. Asistente de enseñanza e instructor invitado para el curso Introducción a R para Investigadores de Salud Pública.
  2. Asistente de enseñanza para el curso de Métodos Estadísticos en Salud Pública I (140.621).
  3. Asistente líder de enseñanza para el curso de Métodos Estadísticos en Salud Pública II (140.622).
  4. Asistente de enseñanza para el proyecto MPH capstone dentro de la Maestría en Salud Pública.

2014-2015

  1. Asistente líder de enseñanza para los cursos de Métodos Estadísticos en Salud Pública I (140.621) y II (140.622).
  2. Asistente de enseñanza para el proyecto MPH capstone dentro de la Maestría en Salud Pública.

2013-2014

  1. Asistente de enseñanza para los cursos de Métodos Estadísticos en Salud Pública I (140.621) y II (140.622).
  2. Asistente de enseñanza para el proyecto MPH capstone dentro de la Maestría en Salud Pública. Desarrollé una interfaz con shiny para que los alumn@s se registraran para sesiones individuales de ayuda (código) y escribí un reporte sobre el número de sesiones de ayuda disponibles.

2012-2013

  1. Asistente de enseñanza para los cursos de Métodos Estadísticos en Salud Pública I (140.621), II (140.622), III (140.623), y IV (140.624).

UNAM

PDCB

Mientras trabajé en Winter Genomics enseñé dos cursos para alumnos del Programa de Doctorado de Ciencia Biomédicas (PDCB) de la UNAM.

  1. Analysis of High-Throughput Sequencing data with Bioconductor Aug-Dec 2010.
  2. Introduction to R and Biostatistics (along with two other teachers).

IBT

Mientras estuve dentro del Instituto de Biotecnología de la UNAM trabajando con Winter Genomics organicé dos cursos. Uno fue una serie de varios mini-cursos sobre bioinformática y biología, y el otro involucró a instructores de varias instituciones académicas.

  1. Introducción a R para biólog@s Oct-Nov 2009. Este mini-curso tiene bastante material para aprender a hacer gráficas con R. (diapositivas en 🇲🇽)
  2. Métodos Estadísticos y Analíticos de Datos Genómicos Enero 2010. Este curso de una semana fue compuesto por presentaciones introductorias sobre Perl, como usar un cluster, tecnologías de secuenciación masivas y otras relacionadas, R y Bioconductor, C, y biología. (diapositivas en 🇲🇽)

LCG

Impartí tres cursos durante mis años en la Licenciatura de Ciencias Genómicas (LCG). Cada uno de los cursos tiene su propio sitio web para organizar el material. Estos son:

  1. R/Bioconductor: curso intensivo Oct-Nov 2008 (diapositivas en 🇲🇽)
  2. Principios de Estadística Feb-Junio 2009 (diapositivas en 🇲🇽)
  3. Seminario III: R/Bioconductor Aug-Dec 2009 (diapositivas en 🇲🇽)

Contacto

Si tienes preguntas sobre los paquetes de R/Bioconductor que mantengo, por favor lée este post (en inglés). Si me envías un correo, simplemente te mandaré la liga al mismo post.