Overview
Code of Conduct
Course Schedule
External links
Course Prerequisites
Course Evaluation
R session information
License
1
Introducción a R y RStudio
1.1
R
1.2
GitHub
1.3
RStudio
1.4
Material del curso
1.5
Actividad postcards
1.5.1
Create Beautiful, Simple Personal Websites
1.5.2
Instalación
1.5.3
Plantillas
1.5.4
Crear un nuevo proyecto en RStudio (selección interactiva)
1.5.5
Crear un nuevo proyecto
1.5.6
Configurar Git y GitHub
1.5.7
Elegir una plantilla
1.5.8
Editar con su información
1.5.9
Desplegar la página
2
Introducción a Bioconductor
2.1
Encontrando paquetes de Bioconductor
2.2
Estructura de un paquete de BioC
2.3
Las dos ramas de Bioconductor: release y devel
2.4
Cursos y eventos
2.5
Comunidad
2.6
Ejercicio grupal
3
Objetos de Bioconductor para datos de expresión
3.1
SummarizedExperiment
3.2
Ejercicio
3.3
iSEE
3.4
Ejercicio con spatialLIBD
3.5
Comunidad
4
Datos de RNA-seq a través de recount3
4.1
Procesar datos crudos (FASTQ) con SPEAQeasy
4.2
Proyectos recount
4.3
Usar recount3
4.4
Ejercicio
4.5
Comunidad
5
Modelos estadísticos
5.1
ExploreModelMatrix
5.1.1
Ejemplo 1
5.1.2
Ejemplo 2
5.1.3
Ejemplo 3
5.1.4
Ejercicio
5.1.5
Para aprender más
5.2
Datos de SRP045638
5.3
Normalización de datos
5.4
Expresión diferencial
5.5
Visualizando genes DE
5.6
Ejercicio
5.7
Comunidad
5.8
Ejercicio: respuesta
5.9
Sobre
centering
y
scaling
en heatmaps
5.10
Específicaciones del proyecto
6
smokingMouse
7
Revisión
7.1
Ejercicio en equipo
7.2
Respuestas
8
R/Bioconductor-powered Team Data Science
9
spatialLIBD
10
Comunidad
10.1
De alumnos LCG 2021
10.2
De ustedes
Intro RNA-seq LCG-UNAM 2024
6
smokingMouse
Impartida por
Daianna González Padilla
Tutorial Expresión diferencial
Código:
LieberInstitute/smoking-nicotine-mouse
Notas públicas de Daianna:
Notion
.