Overview
Code of Conduct
Course Schedule
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Course Prerequisites
Getting set up
How to Download R for Windows
How to Download R for the Mac
How to Download
RStudio IDE
How to Download Positron
How to Download Git
Create your GitHub account
How to Apply for GitHub Education and configure GitHub Copilot
How to get Air (auto-code formatter)
Course Evaluation
R session information
License
1
Introducción a R y Positron
1.1
R
1.2
GitHub
1.3
GitHub Education y el uso de IA para escribir código
1.4
Positron
1.5
RStudio
1.6
Repositorio de notas para el curso
1.7
Material del curso
1.8
Actividad postcards
1.8.1
Create Beautiful, Simple Personal Websites
1.8.2
Instalación
1.8.3
Plantillas
1.8.4
Crear un nuevo proyecto en RStudio (selección interactiva)
1.8.5
Crear un nuevo proyecto
1.8.6
Configurar Git y GitHub
1.8.7
Elegir una plantilla
1.8.8
Editar con su información
1.8.9
Desplegar la página
1.8.10
Compartan su página
2
Introducción a Bioconductor
2.1
Encontrando paquetes de Bioconductor
2.2
Estructura de un paquete de BioC
2.3
Las dos ramas de Bioconductor: release y devel
2.4
Cursos y eventos
2.5
Comunidad
2.6
Ejercicio grupal
3
Objetos de Bioconductor para datos de expresión
3.1
SummarizedExperiment
3.2
Ejercicio
3.3
iSEE
3.4
Ejercicio con spatialLIBD
3.5
Ejemplo con Hb_VTA_projector_profiling
3.6
Comunidad
4
Datos de RNA-seq a través de recount3
4.1
Procesar datos crudos (FASTQ) con SPEAQeasy
4.2
Proyectos recount
4.3
Usar recount3
4.4
Ejercicio
4.5
Comunidad
5
Modelos estadísticos
5.1
ExploreModelMatrix
5.1.1
Ejemplo 1
5.1.2
Ejemplo 2
5.1.3
Ejemplo 3
5.1.4
Ejercicio
5.1.5
Para aprender más
5.2
Datos de SRP045638
5.3
Normalización de datos
5.4
Expresión diferencial
5.5
Visualizando genes DE
5.6
Ejercicio
5.7
Comunidad
5.8
Ejercicio: respuesta
5.9
Sobre
centering
y
scaling
en heatmaps
5.10
Especificaciones del proyecto
6
Plática de Maria Gutiérrez-Arcelus
7
RNA-seq en el mundo real y (casi) todo lo que puede salir mal
8
Análisis de snRNA-seq
9
Revisión
9.1
Ejercicio en equipo
9.2
Respuestas
10
R/Bioconductor-powered Team Data Science
11
spatialLIBD
12
Comunidad
12.1
De alumnxs LCG
12.2
De ustedes
Intro RNA-seq LCG-UNAM 2026
8
Análisis de snRNA-seq
Impartida por
Gabriel Ramírez-Vilchis