espacial
Image credit: bioRxiv
En febrero de 2020, publicamos la primera versión preliminar utilizando la plataforma 10x Genomics Visium para transcriptómica espacial. Para este proyecto, creamos el paquete de Bioconductor spatialLIBD y comenzamos a desarrollar nuevos métodos analíticos para este tipo de datos. Dado que compartimos todos los datos y el código cuando publicamos la preimpresión, cuando la publicación revisada por pares y se hizo pública en febrero de 2021, otros ya habían utilizado nuestro conjunto de datos para desarrollar y mostrar sus métodos. Por ejemplo, BayesSpace preimpresión se publicó en septiembre de 2020, antes a su propia publicación revisada por pares de junio de 2021. Ahora estamos usando BayesSpace en nuestros proyectos. Este es un ejemplo de cómo la ciencia abierta y el acceso abierto aceleran la ciencia.
🔥off the press! 👀 our @biorxivpreprint on human 🧠brain @LieberInstitute spatial 🌌🔬transcriptomics data 🧬using Visium @10xGenomics🎉#spatialLIBD
— 🇲🇽 Leonardo Collado-Torres (@lcolladotor) February 29, 2020
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Our paper describing our package #spatialLIBD is finally out! 🎉🎉🎉
— Brenda Pardo (@PardoBree) April 30, 2021
spatialLIBD is an #rstats / @Bioconductor package to visualize spatial transcriptomics data.
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This is especially exciting for me as it is my first paper as a first author 🦑.https://t.co/COW013x4GA
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Hot of the pre-print press! 🔥 Our latest work #spatialDLPFC pairs #snRNAseq and #Visium spatial transcriptomic data in the human #DLPFC building a neuroanatomical atlas of this critical brain region 🧠@LieberInstitute @10xGenomics #scitwitter
— Louise Huuki-Myers (@lahuuki) February 17, 2023
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After 10+ years of research, my FIRST 1st-author paper & @biorxivpreprint is finally OUT🥹I delved deep into the human inferior temporal cortex🧠in #Alzheimersdisease, using #VisiumSPG #VectraPolaris #RNAscope & #HALO @Indica_Labs. Check out our📜at https://t.co/QQEy1ZWc1V🔥 pic.twitter.com/dBZNzL1S96
— Sang Ho (Sangho) Kwon (@sanghokwon17) April 24, 2023
Leonardo Collado-Torres
Investigador @ LIBD, Profesor Asistente, Departamento de Bioestadística @ JHBSPH
#rstats @Bioconductor/genómica del 🧠 @LieberInstitute/@lcgunam @jhubiostat @jtleek @andrewejaffe alumni/@LIBDrstats @CDSBMexico cofundador