1 Introducción a R y RStudio

1.3 RStudio

remotes::install_github(c(
    "gadenbuie/rsthemes"
))
remotes::install_cran("suncalc")
rsthemes::install_rsthemes(include_base16 = TRUE)
usethis::edit_r_profile()

## From https://www.garrickadenbuie.com/project/rsthemes/
if (interactive() && requireNamespace("rsthemes", quietly = TRUE)) {
    # Set preferred themes if not handled elsewhere..
    rsthemes::set_theme_light("Solarized Light {rsthemes}") # light theme
    rsthemes::set_theme_dark("base16 Monokai {rsthemes}") # dark theme
    rsthemes::set_theme_favorite(c(
        "Solarized Light {rsthemes}",
        "base16 Monokai {rsthemes}",
        "One Dark {rsthemes}"
    ))

    # Whenever the R session restarts inside RStudio...
    setHook("rstudio.sessionInit", function(isNewSession) {
        # Automatically choose the correct theme based on time of day
        ## Used rsthemes::geolocate() once
        rsthemes::use_theme_auto(lat = 39.2891, lon = -76.5583)
    }, action = "append")
}

## https://blog.rstudio.com/2013/06/10/rstudio-cran-mirror/
options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org"))
usethis::create_project("~/rnaseq_2023_notas")
## Start a setup file
usethis::use_r("01-notas.R")

O por ejemplo el archivo 02-visualizar-mtcars.R

## Creemos el archivo R/02-visualizar-mtcars.R
usethis::use_r("02-visualizar-mtcars.R")

con el siguiente contenido:

library("sessioninfo")
library("here")
library("ggplot2")

## Hello world
print("Soy Leo")

## Directorios
dir_plots <- here::here("figuras")
dir_rdata <- here::here("processed-data")

## Crear directorio para las figuras y archivos
dir.create(dir_plots, showWarnings = FALSE)
dir.create(dir_rdata, showWarnings = FALSE)

## Hacer una imagen de ejemplo
pdf(file.path(dir_plots, "mtcars_gear_vs_mpg.pdf"),
    useDingbats = FALSE
)
ggplot(mtcars, aes(group = gear, y = mpg)) +
    geom_boxplot()
dev.off()

## Para reproducir mi código
options(width = 120)
sessioninfo::session_info()
  • Un video de mi club de R sobre RStudio y el uso de here:

También hay videos en el canal de YouTube de la CDSB sobre here como pueden ver aquí.

## Para poder conectar tu compu con GitHub
usethis::create_github_token() ## Abrirá una página web, escoje un nombre único
## y luego da click en el botón verde al final. Después copia el token
## (son 40 caracteres)
  • Para Mac o Windows:
gitcreds::gitcreds_set() ## Ojo, copia el token, no tu password de git!
## Si no, terminaras en la situación descrita en
## https://github.com/r-lib/usethis/issues/1347
  • Para Linux:

En el servidor de RStudio de la LCG-UNAM no funciona bien gitcreds::gitcreds_set() (porque esa función solo corre bien en macOS o winOS) así que tenemos que editar el archivo .Renviron donde nuestro token no se guarda de forma privada, y por lo cual hoy en día no es lo que recomienda Jenny Bryan. Pero es lo que funciona en este caso tal como lo hablamos con el autor de gitcreds vía GitHub. Usando el siguiente comando podemos abrir el archivo .Renviron.

usethis::edit_r_environ()

Después guarden su token de GitHub usando la siguiente sintáxis (ojo con la línea en blanco al final, las mayúsculas al inicio, y el que no hay espacios antes y después del =).

GITHUB_PAT=TU_CLAVE_DE_40_LETRAS

Después de guardar el .Renviron, vayan a Session hasta arriba y reinicien la sesión de R para que se cargue el .Renviron antes de continuar.

  • Continuemos con tu configuración de GitHub
## Configura tu usuario de GitHub
usethis::edit_git_config()
[user]
    name = Leonardo Collado Torres
    email = lcolladotor@gmail.com
## Para inicializar el repositorio de Git
usethis::use_git()

## Para conectar tu repositorio local de Git con los servidores de GitHub
usethis::use_github()

Resultado ejemplo: https://github.com/lcolladotor/rnaseq_2021_notas. El que hice en vivo está disponible vía https://github.com/lcolladotor/rnaseq_2023_notas_en_vivo.

Una vez que termines, agrega la liga al repositorio con tus notas del curso en el la página del curso.

1.4 Material del curso

  • Pueden descargar la versión estática con usethis::use_course('lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023')
  • Pueden verlo en línea a través de lcolladotor.github.io/rnaseq_LCG-UNAM_2023
  • Pueden clonarlo desde GitHub de tal forma que podrán actualizarlo fácilmente usando git pull
git clone https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023.git

## Si tienen su SSH key configurarda pueden usar
## Info sobre SSH keys de GitHub: 
## https://docs.github.com/en/github/authenticating-to-github/generating-a-new-ssh-key-and-adding-it-to-the-ssh-agent
git clone git@github.com:lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023.git

O desde R con:

## Opción más nueva:
library("gert")
repo <- git_clone(
    "https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023",
    "~/rnaseq_LCG-UNAM_2023"
)
setwd(repo)

## Otra opción:
git2r::clone(
    "https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023",
    "~/rnaseq_LCG-UNAM_2023"
)

1.5 Actividad postcards (opcional)

## Creen el RStudio project
usethis::create_project("Su_Usuario.github.io")

## Configura Git y GitHub
usethis::use_git()
usethis::use_github()

Creen su templado usando postcards. Va a crear un archivo index.Rmd

## Solo uno de estos, de acurdo al templado que más les gustó
postcards::create_postcard(template = "jolla")
postcards::create_postcard(template = "jolla-blue")
postcards::create_postcard(template = "trestles")
postcards::create_postcard(template = "onofre")

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